Queste sono di quelle cose che quando le scopri, bestemmi o quasi.
Per cambiare le impostazioni dei limiti (ServerLimit, Maxclients ecc.) di Apache, se questo è dentro il contenitore di VPS Virtuozzo, non solo bisogna agire sul classico /etc/httpd/conf.d/httpd.conf ma anche su /etc/httpd/conf.d/swtune.conf.
Ovviamente dopo il cambio di configurazione bisogna riavviare Apache.

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